Alytaus geležinkelio stotis savo gyvavimo laikotarpį skaičiuoja nuo pat 1984-ųjų, tai viena naujausių ir didžiausių stočių Lietuvoje, keleivių vežimo funkciją atlikusi vos iki 2001, kuomet nuspręsta panaikinti maršrutą Kaunas - Marijampolė - Alytus. Šiuo metu stotis naudojama tik kaip krovininė, o dviaukštė laukiamoji salė maždaug 2018 metais buvo paversta garažu.