Šeštokų stotis nuo seno yra vartai į Europą kroviniams ir keleiviniams traukiniams. Keletą metų nuo čia važiuodavo keleiviniai traukiniai į Varšuvą, tačiau šiuo metu šioje stotyje nebestoja jokie keleiviniai traukiniai, net ir Kaunas - Šeštokai, kuris buvo panaikintas po RailBalticos vėžės statybų 2014 metais. Iki 2001 stodavo Kaunas - Alytus traukinys. Šiuo metu stotis yra reikšminga krovinių vežimo srityje.